La differenza fondamentale tra l'omuncolo motorio e quello sensoriale è il tipo di elaborazione che ciascuno subisce durante la mappatura neurologica. L'omuncolo motore è una mappa che mostra l'elaborazione motoria delle diverse parti anatomiche del corpo mentre l'omuncolo sensoriale è una mappa che mostra l'elaborazione sensoriale delle diverse parti anatomiche del corpo.
Homunculus è una mappa immaginaria generata sui dati disponibili sulle diverse connessioni neurologiche. Coinvolge principalmente il cervello, l'elaborazione sensoriale e l'elaborazione motoria. Inoltre, anche i nervi e il midollo spinale svolgono un ruolo importante nella generazione dell'omuncolo.