La differenza fondamentale tra la malattia di Paget e l'eczema è che la malattia di Paget è un disturbo focale del rimodellamento osseo e l'eczema è una condizione infiammatoria della pelle caratterizzata da gruppi di lesioni vescicolari con un grado variabile di essudati e desquamazione.
La malattia di Paget si manifesta a causa delle mutazioni in alcuni geni come il fattore nucleare kappa B, il sequestosoma p62 e l'osteoprotegerina. D'altra parte, l'eczema si verifica a seguito delle reazioni di ipersensibilità montate contro diversi allergeni. Questa differenza nella patogenesi è la principale differenza tra le due malattie.