La differenza fondamentale tra le alghe blu-verdi e le alghe verdi è che le alghe blu-verdi sono organismi procarioti che appartengono a Kingdom Monera mentre le alghe verdi sono organismi eucarioti che appartengono a Kingdom Protista.
La fotosintesi è il processo mostrato dai fotoautotrofi. È il processo che sintetizza i carboidrati (alimenti) catturando l'energia dalla luce solare. Il processo richiede la presenza di pigmenti fotosintetici, CO 2 e acqua. I fotoautotrofi possiedono pigmenti fotosintetici per eseguire la fotosintesi. Esistono tre gruppi principali di fotoautotrofi come piante, cianobatteri (alghe blu-verdi) e alghe (comprese le alghe verdi). Pertanto, sia le alghe blu-verdi che le alghe verdi sono organismi fotosintetici. Tuttavia, le alghe blu-verdi sono organismi procarioti mentre le alghe verdi sono organismi eucarioti. Di conseguenza, c'è una differenza tra le alghe blu-verdi e le alghe verdi in base alla loro organizzazione cellulare e ad altre caratteristiche.
