La differenza fondamentale tra anammox e denitrificazione è che anammox si riferisce all'ossidazione anaerobica dell'ammonio, che converte l'ammonio ei nitriti in azoto gassoso in condizioni anossiche. Nel frattempo, mentre la denitrificazione è la trasformazione biologica del nitrato in N 2 da parte dei batteri denitrificanti.
Il ciclo dell'azoto è un importante ciclo biogeochimico in cui l'azoto viene convertito in diverse forme chimiche come NH 3, NH 4 +, NO 2 -, NO 3 -ecc. Ci sono quattro processi principali visti nel ciclo dell'azoto. Sono fissazione, ammonificazione, nitrificazione e denitrificazione. Molti di questi processi sono eseguiti da microrganismi, in particolare batteri presenti nel suolo. Anammox è una delle ultime aggiunte al ciclo dell'azoto. È il processo di ossidazione anaerobica dell'ammonio. Un gruppo specifico di batteri noto come planctomiceti esegue questo processo. Possiedono uno speciale organello chiamato anammoxosomi, che fornisce il sito per la reazione anammox. Tuttavia, alla fine, sia la denitrificazione che l'anammox producono azoto gassoso.
