La differenza chiave tra omologia e somiglianza nella bioinformatica è che l'omologia si riferisce a un'affermazione sull'ascendenza evolutiva comune di due sequenze mentre la somiglianza si riferisce al grado di somiglianza tra due sequenze.
La bioinformatica è un campo della scienza che combina biologia, ingegneria dell'informazione, informatica, matematica e statistica per analizzare e interpretare i dati biologici. Omologia e somiglianza sono due termini che usiamo nel campo della bioinformatica. Possiamo facilmente calcolare la somiglianza come percentuale di residui simili su una data lunghezza dell'allineamento. Tuttavia, non possiamo calcolare l'omologia poiché potrebbe essere vera o falsa e solitamente dipende dall'ipotesi utilizzata.