La differenza fondamentale tra effetto fondatore e deriva genetica è che un effetto fondatore è un evento di deriva genetica in cui un piccolo gruppo si divide dalla popolazione principale per stabilire una colonia mentre la deriva genetica si riferisce ai cambiamenti casuali delle frequenze alleliche in piccole popolazioni che causano la scomparsa di particolari geni nel tempo.
L'evoluzione è il processo che spiega il cambiamento dei tratti negli organismi nelle generazioni successive. L'evoluzione si basa sulla selezione naturale e sulla deriva genetica. A causa della selezione naturale, le caratteristiche favorevoli rimangono nelle popolazioni mentre le caratteristiche sfavorevoli diminuiscono dalle popolazioni nel tempo. Allo stesso modo, la deriva genetica causa cambiamenti casuali nelle frequenze alleliche in piccole popolazioni, a causa della casuale scomparsa di particolari geni a causa della morte o dell'evitare la riproduzione. L'effetto fondatore e l'effetto collo di bottiglia sono due eventi di deriva genetica.
