Il differenza fondamentale tra antigene e patogeno è quello l'antigene è una sostanza estranea, una tossina o una molecola che può stimolare una risposta immunitaria per produrre anticorpi contro di essa mentre il patogeno è un organismo, in particolare un microbo, che infetta il nostro corpo e causa malattie.
Gli agenti patogeni sono organismi estranei che causano malattie nelle piante e negli animali ospiti. Un antigene è una molecola situata nella parete cellulare dei batteri o nel rivestimento degli organismi. L'antigene fa sì che il nostro sistema immunitario produca anticorpi contro di esso e protegga il nostro corpo da organismi estranei dannosi.