La differenza fondamentale tra il gemellaggio di embrioni artificiali e il trasferimento nucleare di cellule somatiche è che il gemellaggio di embrioni artificiali è la tecnica in cui la divisione di un uovo fecondato in due embrioni geneticamente identici avviene in condizioni in vitro mentre il trasferimento nucleare di cellule somatiche è una tecnica in cui l'inserimento di un nucleo di una cellula somatica in una cellula uovo enucleata avviene in condizioni in vitro.
La clonazione molecolare è una tecnica importante nella produzione di organismi ricombinanti con caratteri migliorati. Il gemellaggio artificiale di embrioni e il trasferimento nucleare di cellule somatiche sono due di queste tecniche utilizzate in condizioni in vitro allo scopo di creare cloni sia per scopi riproduttivi che terapeutici. Tuttavia, c'è una differenza tra il gemellaggio artificiale di embrioni e il trasferimento nucleare di cellule somatiche in termini di metodo di clonazione.