Differenza chiave - Sonda vs Primer
La sonda molecolare è un piccolo frammento di DNA o RNA che riconosce le sequenze complementari nel DNA o nell'RNA e consente l'identificazione della sequenza bersaglio. Il primer è un piccolo tratto di DNA o RNA che funge da punto di partenza per la sintesi del DNA. I primer e le sonde si ibridizzano con i nucleotidi complementari del DNA stampo o del DNA bersaglio. Tuttavia, la differenza fondamentale tra sonda e primer è che i primer sono necessari per la replicazione del DNA mentre le sonde sono necessarie per il rilevamento di sequenze specifiche nel DNA del campione.
INDICE
1. Panoramica e differenza fondamentale
2. Che cos'è la sonda
3. Che cos'è il primer
4. Confronto affiancato - Sonda vs Primer
5. Riepilogo
Cos'è una sonda?
La sonda è un piccolo frammento di DNA o RNA utilizzato per rilevare il DNA o l'RNA target nel campione mediante ibridazione molecolare. Sono anche conosciuti come marcatori molecolari. La lunghezza della sonda può variare (da 100 a 1000 basi) e i nucleotidi della sonda sono complementari alla parte della sequenza target. Per facilitare il rilevamento, le sonde sono etichettate con isotopi radioattivi o con coloranti fluorescenti o anticorpi. Le sonde si legano alle basi complementari della sequenza target e rivelano la presenza del DNA o RNA target nel campione. Esistono due metodi principali per etichettare le sonde: end labeling e nick translation. Le sonde sono classificate in diversi tipi, tra cui sonde DNA, sonde RNA, sonde cDNa e sonde oligonucleotidi sintetiche e vengono preparate utilizzando tecniche diverse.
Le sonde sono strumenti importanti in molte aree microbiche e molecolari come virologia, patologia forense, test di paternità, impronte digitali del DNA, rilevamento di malattie genetiche, RFLP, citogenetica molecolare, ibridazione in situ, ecc.
Figura 01: sonda con etichetta fluorescente utilizzata in FISH per il rilevamento di agenti patogeni
Cos'è un primer?
Il primer è un breve frammento di DNA o RNA che funge da iniziatore per la sintesi del DNA. L'enzima DNA polimerasi aggiunge nucleotidi al gruppo 3 'OH della sequenza di primer e sintetizza il nuovo filamento complementare al DNA stampo. I primer sono frammenti molto brevi con una lunghezza compresa tra 18 e 20 nucleotidi. Sono sintetizzati chimicamente in laboratorio per l'amplificazione del DNA in vitro (PCR). I primer possono avere qualsiasi sequenza di nucleotidi poiché sono progettati dall'utente. Sono sintetizzati per adattarsi alle basi complementari del DNA stampo. Pertanto, può avere qualsiasi sequenza di nucleotidi. I primer sono della massima importanza per la replicazione del DNA poiché la DNA polimerasi non può sintetizzare nuovo DNA senza un pezzo di DNA preesistente. Quando si progettano i primer per la PCR, è necessario considerare le seguenti cose:
- I primer dovrebbero contenere i nucleotidi complementari all'estremità fiancheggiante del DNA che vuole amplificare.
- I primer dovrebbero avere una temperatura di fusione compresa tra 55 e 65 ° C
- Il contenuto di G e C dovrebbe essere compreso tra il 50 e il 60%.
Nella PCR vengono utilizzati due primer come forward e reverse per replicare entrambi i filamenti del DNA campione. I primer sono comunemente usati per eseguire PCR e sequenziamento del DNA.
Figura 02: ricottura del primer in PCR
Qual è la differenza tra Probe e Primer?
Articolo diff. Al centro prima della tabella
Sonda vs Primer |
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| La sonda è un piccolo frammento di DNA / RNA utilizzato per rilevare la presenza della sequenza target in un campione mediante ibridazione molecolare. | Il primer è un piccolo tratto di DNA o RNA che funge da punto di partenza per la replicazione del DNA. |
| Funzione | |
| Questo rileva la presenza di una sequenza specifica nel campione di DNA o RNA. | Questo funge da punto di partenza per la sintesi del DNA. |
| Lunghezza | |
| La lunghezza può essere compresa tra 100 e 1000 basi | La lunghezza è generalmente di circa 18-20 basi |
| Legatura con sequenza complementare | |
| La sonda si ibrida con le basi complementari della sequenza bersaglio | Il primer ricottura con le basi complementari dei filamenti di DNA. |
| Etichettatura | |
| Le sonde sono etichettate per facilitarne il rilevamento | I primer generalmente non sono etichettati |
| Utilizzare nella PCR | |
| Le sonde non vengono utilizzate nella PCR | I primer vengono utilizzati nella PCR |
Riepilogo - Sonda vs Primer
La sonda è un piccolo frammento di sequenza di DNA o RNA che può essere ibridato con nucleotidi complementari per rilevare una sequenza bersaglio nel campione. Le sonde sono etichettate in modo radioattivo, immunologico o fluorescente per vedere la presenza della sequenza target. Il primer è un frammento di DNA o RNA molto piccolo che funge da punto di partenza per l'amplificazione del DNA in vitro. La DNA polimerasi identifica il primer del gruppo 3 'OH e avvia la costruzione di un nuovo filamento complementare allo stampo. Sonde e primer funzionano in modo simile ibridandosi con nucleotidi complementari. Pertanto, la differenza fondamentale tra sonda e primer è la loro funzione principale.
