Differenza chiave - Nick Translation vs Primer Extension
La traduzione del nick e l'estensione del primer sono due importanti tecniche eseguite in biologia molecolare. Il differenza fondamentale tra la traduzione del nick e l'estensione del primer è che il processo di traduzione del nick produce sonde etichettate per altre tecniche di ibridazione mentre il metodo di estensione del primer identifica una sequenza di RNA specifica da una miscela e rivela informazioni sull'espressione dell'mRNA. Entrambe le tecniche hanno una grande importanza e vengono eseguite di routine nei laboratori di ricerca molecolare.
INDICE
1. Panoramica e differenza fondamentale
2. Cos'è Nick Translation
3. Cos'è Primer Extension
4. Confronto affiancato - Nick Translation vs Primer Extension
5. Riepilogo
Cos'è Nick Translation?
La traduzione del nick è una tecnica importante utilizzata per preparare sonde etichettate per varie tecniche biologiche molecolari come blotting, ibridazione in situ, ibridazione in situ fluorescente, ecc. È un metodo in vitro di etichettatura del DNA. Le sonde di DNA vengono utilizzate per identificare sequenze di DNA o RNA specifiche. Con l'aiuto di una sonda etichettata, frammenti specifici possono essere contrassegnati o visualizzati da una miscela complessa di acido nucleico. Pertanto, le sonde etichettate vengono preparate utilizzando varie tecniche da utilizzare per tecniche diverse. La traduzione del nick è uno di questi metodi che produce sonde etichettate con l'aiuto degli enzimi DNasi 1 e DNA polimerasi 1.
Il processo di traduzione del nick inizia con l'attività dell'enzima DNasi 1. La DNasi 1 introduce intaccature nella spina dorsale del fosfato del DNA a doppia elica scindendo i legami fosfodiestere tra i nucleotidi. Una volta creato il nick, verrà prodotto il gruppo 3 'OH libero del nucleotide e l'enzima DNA polimerasi 1 agirà su di esso. L'attività di esonucleasi da 5 'a 3' della DNA polimerasi 1 rimuove i nucleotidi dal nick verso la direzione 3 'del filamento di DNA. Allo stesso tempo, l'attività della polimerasi dell'enzima DNA polimerasi 1 funziona e aggiunge nucleotidi per sostituire i nucleotidi rimossi. Se i nucleotidi fossero etichettati, la sostituzione avverrà con i nucleotidi etichettati e segnerà il DNA per l'identificazione. Questo DNA marcato di nuova sintesi può essere utilizzato come sonde in varie reazioni di ibridazione in Biologia Molecolare.
Figura 01: processo di traduzione di Nick
Cos'è Primer Extension?
L'estensione del primer è una tecnica che viene utilizzata per trovare una sequenza di RNA specifica da una miscela di RNA e individuare l'estremità 5 'del trascritto dell'mRNA. Viene anche utilizzato per studiare la struttura dell'RNA e l'espressione. Il metodo di estensione dei primer viene eseguito con primer etichettati o con nucleotidi etichettati. Se vengono utilizzati primer marcati, si esclude la necessità di etichettare i nucleotidi che vengono utilizzati per la sintesi del cDNA. Ci sono diversi passaggi in questa tecnica. Inizia con l'estrazione dell'RNA dal campione. Quindi un primer oligonucleotidico marcato viene aggiunto alla miscela insieme agli ingredienti necessari per sintetizzare il cDNA di una sequenza di RNA specifica. Il primer ricottura con la sequenza complementare della miscela. Utilizzando la sequenza ricotta del primer come modello,l'enzima trascrittasi inversa sintetizza il DNA complementare (cDNA) della sequenza di RNA. La ricottura del primer e la trascrizione inversa si verificano solo quando la sequenza di RNA specifica è presente nel campione. Infine, quando viene eseguita l'elettroforesi su gel denaturante, è possibile determinare la dimensione della sequenza di RNA. È anche facile trovare la base +1 della sequenza di mRNA (sito di inizio della trascrizione) mediante il metodo di estensione del primer. La quantità di mRNA presente nel campione può essere quantificata con questo metodo se si utilizza un primer in eccesso. È anche facile trovare la base +1 della sequenza di mRNA (sito di inizio della trascrizione) con il metodo di estensione del primer. La quantità di mRNA presente nel campione può essere quantificata con questo metodo se si utilizza un primer in eccesso. È anche facile trovare la base +1 della sequenza di mRNA (sito di inizio della trascrizione) con il metodo di estensione del primer. La quantità di mRNA presente nel campione può essere quantificata con questo metodo se si utilizza un primer in eccesso.
Figura 02: estensione del primer
Qual è la differenza tra Nick Translation e Primer Extension?
Articolo diff. Al centro prima della tabella
Nick Translation vs Primer Extension |
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| La traduzione del nick è un processo che crea sonde di DNA etichettate per varie reazioni di ibridazione. | L'estensione del primer è una tecnica utilizzata per trovare RNA specifico o per studiare l'espressione genica. |
| Enzimi utilizzati | |
| Vengono utilizzati gli enzimi DNasi 1 e DNA polimerasi. | Viene utilizzato l'enzima della trascrittasi inversa. |
| Importanza | |
| La traduzione di Nick facilita la marcatura di una specifica sequenza di DNA. | L'estensione del primer consente il rilevamento della dimensione della sequenza di mRNA specifica e della quantità presente nel campione. |
Riepilogo - Nick Translation vs Primer Extension
La traduzione di Nick è un metodo utilizzato per sintetizzare sonde etichettate in base alle attività degli enzimi DNasi 1 ed E coli DNA polimerasi 1. È un metodo in vitro utilizzato nei laboratori prima di diverse tecniche di ibridazione. Durante la traduzione del nick, l'attività di esonucleasi 5'-3 'della DNA polimerasi 1 rimuove i nucleotidi prima dell'attività di nick e polimerasi della DNA polimerasi 1 sostituisce i nucleotidi rimossi con nucleotidi etichettati dietro il nick. L'estensione del primer è un metodo che viene utilizzato per rilevare uno specifico trascritto di RNA da una miscela e quantificare la dimensione e la quantità dell'RNA di interesse. Questa è la differenza tra la traduzione del nick e l'estensione del primer.
