Il differenza fondamentale tra primer e promotore è quello il primer è una breve sequenza di DNA sintetizzata commercialmente che viene utilizzata nella PCR per l'amplificazione di una sequenza di DNA bersaglio mentre il promotore è una sequenza di DNA specifica che fornisce un sito di legame iniziale sicuro per RNA polimerasi e fattori di trascrizione in per iniziare la trascrizione.
Primer e promotore sono due tipi di sequenze di DNA. Il primer è un piccolo frammento di DNA necessario per la reazione a catena della polimerasi (PCR). Ha brevi sequenze nucleotidiche complementari all'estremità fiancheggiante del filamento di DNA. Esistono due tipi di primer e funzionano come punti di partenza per la sintesi di nuovi filamenti di DNA. Al contrario, un promotore è una sequenza di DNA specifica situata a monte del sito di inizio della trascrizione di un gene. Interagisce direttamente con i componenti del meccanismo di trascrizione come l'RNA polimerasi e i fattori di trascrizione per controllare la trascrizione del DNA. Pertanto, l'RNA polimerasi e altri fattori di trascrizione si legano alla sequenza del promotore e avviano la trascrizione.
