La differenza fondamentale tra chemoorganotrophs e chemolithotrophs è quella chemoorganotrophs sono organismi che ottengono elettroni da composti organici, mentre chemolithotrophs sono organismi che ottengono elettroni da composti inorganici.
Gli organismi viventi possono essere raggruppati in diverse categorie in relazione alla modalità nutrizionale basata sulla fonte di energia e carbonio. Ci sono fonti di energia come la luce solare e composti organici. Allo stesso modo, ci sono due tipi di fonti di carbonio come il carbonio inorganico e il carbonio organico. Le quattro categorie principali sono fotoautotrofi, fotoeterotrofi, chemioautotrofi e chemioeterotrofi. Inoltre, sulla base della fonte primaria di equivalente riducente, esistono due categorie come organotrofi e litotrofi. Chemoorganotrophs e chemolithotrophs sono due gruppi che usano l'energia dalla rottura dei composti chimici. Ma differiscono l'uno dall'altro in base al donatore di elettroni. La fonte del donatore di elettroni sono i composti organici nei chemioorganotrofi mentre la fonte dell'equivalente riducente è inorganica nei chemolitotrofi.