La differenza fondamentale tra la sonicazione e l'omogeneizzazione è quella la sonicazione è una tecnica di distruzione cellulare che utilizza l'energia sonora per distruggere tessuti e cellule, mentre l'omogeneizzazione è una tecnica di rottura cellulare che utilizza principalmente una forza fisica per rompere le membrane cellulari.
Per analizzare le biomolecole, le loro reazioni e altri contenuti cellulari, è necessario interrompere i tessuti per rilasciare le cellule e interrompere le cellule per rilasciare il loro contenuto. Esistono diverse tecniche di lisi cellulare. La sonicazione e l'omogeneizzazione sono due di queste tecniche. La sonicazione utilizza l'energia sonora o le onde ultrasoniche per distruggere le cellule mentre l'omogeneizzazione utilizza la forza meccanica per interrompere le cellule.