La differenza chiave tra molecola e atomo è quella molecola è una combinazione di due o più atomi tramite legame chimico mentre l'atomo è una singola specie chimica che può combinarsi tra loro per formare molecole e ioni.
Tutta la materia nel mondo è composta da atomi e molecole, quindi possiamo considerarli come i mattoni di tutto su questo pianeta, compresi noi. In parole povere, possiamo dire che l'unità più elementare e anche la più piccola di qualsiasi elemento chimico è un atomo. Un elemento chimico è una specie di atomi. Ad esempio, la più piccola unità di ossigeno gassoso è l'atomo di ossigeno; possiamo rappresentarlo con la lettera O. Tuttavia, questo atomo di ossigeno non esiste indipendentemente, ed è solo quando si combina chimicamente con un altro atomo di ossigeno che diventa stabile. Quindi diventa una molecola e possiamo rappresentarla con la formula chimica O 2.