Differenza chiave - RAPD vs RFLP
I marcatori genetici vengono utilizzati in biologia molecolare per identificare le variazioni genetiche tra individui e specie. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) e Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) sono due importanti marcatori molecolari utilizzati di routine nei laboratori. Il RAPD viene eseguito con primer oligonucleotidici corti e arbitrari e si basa sull'amplificazione casuale di più posizioni in tutto il DNA stampo dell'organismo. RFLP viene eseguito con una specifica endonucleasi di restrizione e si basa sul polimorfismo dei frammenti di restrizione risultanti e sull'ibridazione. Il differenza fondamentale tra RAPL e RFLP è quello RAPD è un tipo di tecnica PCR eseguita senza la conoscenza preliminare della sequenza mentre RFLP non è coinvolta nella PCR e richiede una conoscenza preliminare della sequenza per eseguire la tecnica.
INDICE
1. Panoramica e differenza fondamentale
2. Che cos'è RAPD
3. Che cos'è RFLP
4. Confronto affiancato - RAPD vs RFLP
5. Riepilogo
Cos'è RAPD?
RAPD è un utile marcatore molecolare in biologia molecolare. È una tecnica semplice e veloce. RAPD può essere definito come un metodo che si traduce in sequenze di DNA polimorfico come risultato dell'amplificazione casuale di più posizioni del modello di DNA bersaglio. RAPD utilizza primer oligonucleotidici corti con sequenze arbitrarie per l'amplificazione PCR. I primer vengono sintetizzati artificialmente senza la previa conoscenza della sequenza. Quindi, è considerata una tecnica facile e utile.
I seguenti passaggi principali sono coinvolti in RAPD.
- Estrazione del DNA bersaglio
- Amplificazione delle posizioni multiple del DNA bersaglio utilizzando primer scelti a caso
- Elettroforesi su gel dei prodotti PCR amplificati
- Colorazione con etidio bromuro e identificazione del polimorfismo
Come risultato della variazione nella ricottura del primer, durante l'amplificazione vengono generati frammenti diversi con lunghezze diverse. Quindi, i modelli di bande sui gel sono diversi tra gli individui e le specie. Pertanto, RAPD consente il rilevamento della variazione genetica tra organismi nell'identificazione e differenziazione.
Il RAPD viene applicato in vari studi di biologia molecolare come l'identificazione della differenza genetica tra specie strettamente correlate, la mappatura genetica, il fingerprinting del DNA, l'identificazione di malattie ereditarie, ecc.
Figura 01: RAPD
Cos'è RFLP?
Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLPs) è un marker molecolare utilizzato in biologia molecolare per l'identificazione della variazione genetica in sequenze di DNA omologhe. È il primo marcatore genetico sviluppato per il fingerprinting del DNA. Tutti gli organismi producono profili di DNA unici se limitati da specifici enzimi di restrizione. RFLP funge da strumento importante nella produzione di profili DNA unici di individui e nel rilevamento della variazione genetica tra di loro. Quando i campioni di DNA vengono digeriti con endonucleasi di restrizione specifiche, producono diversi profili di DNA che sono unici per ogni individuo. Pertanto, il principio di questo metodo è la rilevazione della variazione genetica tra organismi limitando il DNA omologhi con enzimi di restrizione specifici e l'analisi del polimorfismo della lunghezza del frammento tramite elettroforesi su gel e blotting. I pattern di assorbimento sono unici per ciascun organismo e caratterizzano i genotipi specifici.
I passaggi seguenti sono coinvolti con RFLP.
- Isolamento di una quantità sufficiente di DNA dai campioni
- Frammentazione dei campioni di DNA con endonucleasi di restrizione specifiche in una breve sequenza
- Separazione dei frammenti risultanti con lunghezze diverse mediante elettroforesi su gel di agarosio.
- Trasferimento del profilo del gel in una membrana mediante Southern blotting
- Ibridazione della membrana con sonde etichettate e analisi del polimorfismo della lunghezza del frammento in ciascun profilo
RFLP ha varie applicazioni come la diagnosi di malattie ereditarie, mappatura del genoma, identificazione criminale negli studi forensi, test di paternità, ecc.
Figura 02: genotipizzazione RFLP
Qual è la differenza tra RAPD e RFLP?
Articolo diff. Al centro prima della tabella
RAPD vs RFLP |
|
| RAPD è un marker molecolare basato su primer casuali e PCR. | RFLP è un marker molecolare basato sulla produzione di frammenti di restrizione di lunghezza diversa. |
| Campione richiesto | |
| Piccoli campioni di DNA sono sufficienti per l'analisi RAPD. | Per l'analisi RFLP è necessaria una grande quantità di campione di DNA estratto. |
| Tempo | |
| RAPD è un processo rapido. | RFLP è un processo che richiede tempo. |
| Uso del primer | |
| Vengono utilizzati primer casuali e gli stessi primer possono essere utilizzati per specie diverse. | Le sonde specie-specifiche vengono utilizzate in RFLP per l'ibridazione. |
| Affidabilità | |
| L'affidabilità della tecnica è inferiore rispetto a RFLP. | RFLP è una tecnica affidabile. |
| Blotting | |
| Il RAPD prevede il Southern blotting. | Il Southern blotting è una fase di RFLP. |
| Rilevazione della variazione allelica | |
| Le variazioni alleliche non possono essere rilevate da RAPD. | Le variazioni alleliche possono essere rilevate da RFLP. |
| Necessità di conoscenza della sequenza | |
| RAPD non richiede una conoscenza preliminare della sequenza. | Per la progettazione della sonda è richiesta una conoscenza preliminare della sequenza. |
| PCR | |
| La PCR è coinvolta con RAPD | La PCR non è coinvolta con RFLP. |
| Riproducibilità | |
| RAPD ha una bassa riproducibilità | RFLP ha un'elevata riproducibilità rispetto a RAPD. |
Riepilogo: RAPD vs RFLP
RAPD e RFLP sono importanti marcatori utilizzati nella biologia molecolare. Entrambi i metodi sono in grado di rilevare la variazione genetica tra gli organismi. RAPD viene eseguito utilizzando primer casuali. RFLP viene eseguita utilizzando enzimi di restrizione specifici. Entrambi i metodi producono profili di DNA unici per i singoli organismi. RAPD è coinvolto relativamente pochi passaggi rispetto a RFLP. Ma produce risultati meno affidabili e riproducibili rispetto a RFLP. Questa è la principale differenza tra RAPD e RFLP.
