Il differenza fondamentale tra endocitosi ed esocitosi è quello l'endocitosi porta sostanze nella cellula mentre l'esocitosi trasporta le sostanze all'esterno della cellula.
Una cellula ha una membrana cellulare che funge da barriera tra l'interno della cellula e l'ambiente esterno. Pertanto, avendo una tale membrana, le cellule necessitano di un qualche tipo di meccanismo di trasporto per connettersi con l'ambiente esterno. Ad esempio, le cellule devono ottenere sostanze nutritive ed espellere i rifiuti dalla cellula. A tale scopo, le cellule hanno quattro meccanismi di trasporto di base: diffusione, osmosi, trasporto attivo e trasporto di massa. La diffusione e l'osmosi sono processi passivi mentre il trasporto attivo e il trasporto alla rinfusa sono processi attivi che consumano energia. L'endocitosi e l'esocitosi sono due tipi di meccanismi di trasporto di massa, che trasportano grandi particelle attraverso la membrana plasmatica, dalla cellula all'ambiente esterno o dall'ambiente esterno alla cellula. Entrambi questi meccanismi formano vescicole legate alla membrana come mezzo di trasporto.
