Il differenza fondamentale tra endosimbiosi e invaginazione è quello l'endosimbiosi è una teoria che spiega l'origine dei mitocondri e dei cloroplasti all'interno della cellula eucariotica mentre l'inaginazione è un processo che spiega l'origine del nucleo e di altri organelli cellulari attraverso la formazione di invaginazione dal plasma membrana all'interno della cellula.
Gli scienziati ritengono che le cellule eucariotiche si siano evolute da cellule procariotiche. Hanno sviluppato molte teorie per spiegare come è avvenuta questa evoluzione. L'endosimbiosi è una di queste teorie che spiega l'origine dei mitocondri e dei cloroplasti all'interno delle cellule eucariotiche dai batteri procarioti. Considerando che, l'invaginazione è un processo che spiega l'origine del nucleo e di altri organelli legati alla membrana all'interno della cellula eucariotica.
