Differenza chiave - AFLP vs RFLP
Gli studi sul DNA hanno un'enorme importanza per comprendere e determinare le relazioni filogenetiche, diagnosticare malattie genetiche e mappare i genomi dell'organismo. Diverse tecniche associate all'analisi del DNA vengono utilizzate anche per l'identificazione di un particolare gene o di una sequenza di DNA in un pool di DNA sconosciuto. Sono conosciuti come marcatori molecolari. Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) e Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) sono due di questi marcatori molecolari (metodi) sviluppati in biologia molecolare per rilevare la variazione genetica tra organismi. Entrambi i metodi sono ugualmente importanti e presentano vantaggi e svantaggi. La differenza fondamentale tra AFLP e RFLP è che AFLP comporta l'amplificazione PCR selettiva del DNA digerito mentre RFLP non comporta l'amplificazione PCR selettiva dei frammenti di DNA.
INDICE
1. Panoramica e differenza fondamentale
2. Che cos'è AFLP
3. Che cos'è RFLP
4. Confronto affiancato - AFLP vs RFLP
5. Riepilogo
Cos'è l'AFLP?
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) è uno strumento importante in biologia molecolare ed è ampiamente utilizzato nell'analisi della variazione genetica. AFLP si basa sull'amplificazione PCR specifica del DNA genomico frammentato e sul rilevamento del polimorfismo mediante autoradiografie tramite elettroforesi su gel. L'AFLP contribuisce ampiamente all'identificazione delle differenze genetiche nei ceppi o in specie strettamente correlate di vari regni, tra cui piante, animali, batteri e funghi. L'AFLP può essere eseguito con piccole quantità di campioni di DNA sconosciuti. Non richiede la conoscenza preliminare della sequenza e la progettazione delle sonde.
Fasi di AFLP
- Isolamento del DNA
- Digestione del DNA con endonucleasi di restrizione
- Legatura dei frammenti di DNA ristretti con adattatori
- Amplificazione selettiva dei frammenti con siti di restrizione specifici
- Separazione dei prodotti della PCR mediante elettroforesi su gel
- Visualizzazione della matrice gel mediante autoradiografo
AFLP è un metodo più sensibile e riproducibile che può essere utilizzato nel profilo del DNA di diversi taxa, inclusi funghi, batteri, piante e animali senza una conoscenza preliminare delle sequenze di DNA. Aiuta a identificare lievi differenze tra gli individui nelle popolazioni a causa della sua natura altamente sensibile. L'AFLP è importante anche nella mappatura del genoma, negli studi forensi, nei test parentali, nella genotipizzazione, ecc.
Figura 01: AFLP
Cos'è RFLP?
Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLP) è una tecnica utilizzata per rilevare le variazioni genetiche nelle sequenze di DNA omologhe. È il primo metodo sviluppato per la profilazione del DNA. Gli organismi hanno impronte digitali o profili DNA unici. RFLP serve come uno strumento importante per analizzare la variazione tra i profili del DNA di organismi intraspecifici o strettamente correlati poiché le sequenze omologhe hanno diversi siti di restrizione (posizioni) che sono unici per un particolare organismo. Quando il DNA omologo viene digerito con endonucleasi di restrizione specifiche, si ottengono diversi profili di DNA che sono unici per ogni individuo. Perciò,il principio di questo metodo è la rilevazione della variazione genetica tra organismi limitando il DNA omologa con specifici enzimi di restrizione e l'analisi del polimorfismo della lunghezza del frammento tramite elettroforesi su gel e blotting. I pattern di assorbimento sono unici per ciascun organismo e caratterizzano i genotipi specifici.
Fasi di RFLP
- Isolamento di una quantità sufficiente di DNA dai campioni
- Frammentazione dei campioni di DNA con endonucleasi di restrizione specifiche in una breve sequenza
- Separazione dei frammenti risultanti con lunghezze diverse mediante elettroforesi su gel di agarosio.
- Trasferimento del profilo del gel in una membrana mediante Southern blotting
- Ibridazione della membrana con sonde etichettate e analisi del polimorfismo della lunghezza del frammento in ciascun profilo
RFLP è una tecnica molto importante per rilevare l'ereditarietà della malattia e trovare il rischio di insorgenza della malattia tra i membri della famiglia. RFLP è spesso utilizzato anche nella mappatura del genoma, nell'identificazione di criminali in medicina legale, nei test di paternità, ecc. RFLP ha anche diversi limiti. RFLP richiede la conoscenza preliminare dei dati di sequenza per progettare sonde per l'ibridazione. Richiede anche l'isolamento di una quantità sufficiente di DNA dal campione da analizzare, il che è difficile negli studi forensi.
Figura 01: mappatura RRFLP
Qual è la differenza tra AFLP e RFLP?
Articolo diff. Al centro prima della tabella
ALFP vs RFLP |
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| L'AFLP comporta l'amplificazione mediante PCR selettiva del DNA digerito. | RFLP non implica la PCR a meno che non sia PCR-RFLP. |
| Conoscenza della sequenza | |
| Non è richiesta la conoscenza della sequenza precedente. | Per progettare sonde RFLP è richiesta una conoscenza preliminare della sequenza. |
| Affidabilità | |
| Questo è più affidabile. | Questo è meno affidabile rispetto all'AFLP. |
| Efficienza nella rilevazione del polimorfismo | |
| Questo ha una maggiore efficienza nel rilevare il polimorfismo rispetto a RFLP. | Questo è meno efficiente rispetto all'AFLP. |
| Costo | |
| Questo è un po 'costoso rispetto a RFLP. | Questo è meno costoso rispetto all'AFLP. |
| Applicazioni | |
| Gli AFLP sono stati applicati alla mappatura del genoma, al fingerprinting del DNA, agli studi sulla diversità genetica, ai test di paternità e alla medicina legale | L'analisi RFLP è uno strumento importante nella mappatura del genoma, nella localizzazione di geni per malattie genetiche, nella determinazione del rischio di malattia e nei test di paternità. |
Riepilogo: AFLP vs RFLP
AFLP e RFLP sono due tecniche utilizzate come marcatori genetici per la valutazione della diversità e la valutazione delle relazioni genetiche in biologia molecolare. AFLP funge da metodo efficiente e sensibile per il rilevamento del polimorfismo genetico tra organismi rispetto a RFLP. Tuttavia, sebbene entrambi questi metodi abbiano efficienze diverse nel rilevare le variazioni genetiche, sono ancora utilizzati per l'impronta digitale del DNA e la diagnosi delle malattie.
