Il differenza fondamentale tra endotossina ed esotossina è che l'endotossina è un lipopolisaccaride che si trova all'interno della parete cellulare batterica mentre l'esotossina è una proteina che secerne all'esterno della cellula batterica.
La tossigenesi è il processo di produzione di tossine da parte di batteri patogeni. È uno dei principali meccanismi utilizzati dai batteri per causare malattie. Esistono due tipi di tossine batteriche come endotossine ed esotossine. C'è una differenza tra endotossina ed esotossina strutturalmente così come chimicamente. Inoltre, agiscono in modo diverso sugli organismi viventi. Generalmente, le endotossine sono lipopolisaccaridi mentre le esotossine sono proteine.