La differenza fondamentale tra pepsina e proteasi è che la pepsina è un tipo di proteasi mentre la proteasi è un enzima che scinde le proteine in amminoacidi.
Le proteine sono importanti macromolecole costituite da diversi amminoacidi. Gli amminoacidi sono i mattoni delle proteine e polimerizzano in proteine mediante legami ammidici. Alcuni enzimi possono rompere le proteine in amminoacidi e sono noti come proteasi. Esistono diversi tipi di proteasi che differiscono a seconda del meccanismo di idrolisi. Tra questi, la pepsina, che è una proteasi gastrica, è uno di questi tipi.