La differenza fondamentale tra bioreattore e fermentatore è il tipo di reazione biochimica che avviene all'interno dei vasi chiusi. Un bioreattore facilita tutti i tipi di reazioni biochimiche ma un fermentatore facilita solo la fermentazione.
L'applicazione della biotecnologia nell'industria è un'area interessante della scienza. Queste applicazioni variano dalle applicazioni microbiche all'applicazione basata sugli animali. Inoltre, le applicazioni industriali della biotecnologia variano in aree principali come l'agricoltura, la medicina e vari settori. I bioreattori sono vasi chiusi in cui vengono create le condizioni necessarie per facilitare diversi tipi di reazioni biochimiche. I fermentatori appartengono al gruppo dei bioreattori, ma serve soprattutto a svolgere solo la fermentazione.