Il differenza fondamentale tra la digestione delle proteine nello stomaco e nell'intestino tenue è che la digestione delle proteine nello stomaco avviene mediante pepsina e acido cloridrico, mentre la digestione delle proteine nell'intestino tenue avviene mediante tripsina e chimotripsina secreta dal pancreas.
Il cibo che consumiamo è soggetto a digestione chimica e meccanica nel sistema digestivo. Una volta che il cibo viene digerito, i nutrienti vengono assorbiti nel nostro flusso sanguigno attraverso l'intestino tenue. La digestione delle proteine avviene in due fasi: nello stomaco e nella prima parte dell'intestino tenue (duodeno) ad opera delle proteasi. Nello stomaco, la pepsina scompone le proteine in amminoacidi e oligopeptidi. L'ulteriore digestione degli oligopeptidi in amminoacidi, dipeptidi e tripeptidi avviene nell'intestino tenue da parte degli enzimi pancreatici.