La differenza chiave tra gli ibridi DNA-RNA e dsDNA è che gli ibridi DNA-RNA sono nucleotidi a doppio filamento composti da un filamento di DNA e un filamento di RNA complementare mentre dsDNA è un DNA a doppio filamento composto da due filamenti di DNA complementari.
Nel suo stato nativo, il DNA è a doppia elica. Ha due filamenti di DNA complementari legati tramite legami idrogeno. L'RNA è a filamento singolo nella sua struttura nativa. In alcuni casi, l'RNA forma duplex con il DNA. Sono conosciuti come ibridi DNA-RNA. Si formano principalmente durante la trascrizione e la moltiplicazione dei virus a RNA oncogeni. Rispetto al dsDNA, gli ibridi DNA-RNA sono più stabili.