Il differenza fondamentale tra endocitosi e fagocitosi è quello l'endocitosi è il processo di portare la materia nella cellula formando vescicole della membrana cellulare mentre la fagocitosi è il processo di portare la grande materia solida nella cellula formando fagosomi.
L'endocitosi e la fagocitosi sono due meccanismi di trasporto che portano i materiali nella cellula. L'endocitosi è di tre categorie. Tra questi, la fagocitosi e la pinocitosi sono i due tipi più comuni. Inoltre, la fagocitosi è una forma di endocitosi. Durante entrambi i meccanismi, i materiali vengono aspirati all'interno delle vescicole. Questi materiali includono detriti cellulari, enzimi, cellule morte, agenti patogeni, ormoni, sostanze nutritive, ecc. Il meccanismo opposto dell'endocitosi è l'esocitosi, che comporta la rimozione di materiale dalla cellula racchiusa nelle vescicole.
