La differenza fondamentale tra fagocitosi e opsonizzazione è quella la fagocitosi è un meccanismo eseguito da alcune cellule o organismi per ingerire o inghiottire particelle estranee mentre l'opsonizzazione è il processo mediante il quale i patogeni vengono rimossi dal sistema dopo essere stati contrassegnati mediante opsonine.
Le risposte immunologiche possono essere innate o adattive. Gli agenti patogeni possiedono recettori di riconoscimento dei patogeni che facilitano l'identificazione da parte dell'ospite. Opsonizzazione e fagocitosi sono due risposte immunologiche. Nell'opsonizzazione, l'ospite identifica e contrassegna le particelle invasive per la distruzione mediante la produzione di opsonine. La fagocitosi è un meccanismo mediante il quale alcune cellule immunitarie inghiottono e distruggono particelle invasive o particelle estranee dal corpo.