La differenza fondamentale tra la massima parsimonia e la massima verosimiglianza dipende dal metodo utilizzato nello sviluppo dell'albero filogenetico. La massima parsimonia si concentra sulla minimizzazione degli stati del carattere totale durante la costruzione dell'albero filogenetico, mentre la massima probabilità è un approccio statistico nel disegnare l'albero filogenetico a seconda della probabilità tra i dati genetici.
La filogenesi è il nuovo approccio alla classificazione e alla nomenclatura degli organismi. La filogenesi si basa su dati genetici e relazioni evolutive. I dati genetici sono il risultato del sequenziamento del DNA. Nella filogenesi, la classificazione degli organismi avviene in base all'antenato comune. La massima parsimonia e la massima probabilità di una relazione filogenetica aumentano l'accuratezza e l'affidabilità di un albero filogenetico.
