La differenza fondamentale tra mitocondri e cinetoplasti è che i mitocondri sono organelli cellulari eucariotici che producono energia (ATP). Nel frattempo, il cinetoplasto è una rete di DNA circolare presente all'interno di un grande mitocondrio, in particolare nei protozoi della classe Kinetoplastea.
Le cellule eucariotiche hanno diversi tipi di organelli cellulari. Questi diversi organelli svolgono diverse funzioni all'interno della cellula vivente. Di questi, i mitocondri sono uno degli organelli legati alla membrana osservati in una cellula eucariotica. Sono gli organelli responsabili della produzione di energia (sotto forma di ATP) nelle cellule. Quindi, sono considerati centrali elettriche della cellula. I mitocondri hanno il loro genoma, che è un DNA circolare ereditato dalla madre. Kinetoplast è la rete di DNA circolare visto nel grande mitocondrio degli organismi appartenenti alla classe Kinetoplastida. Pertanto, i cinetoplasti sono visti solo in questo sottodominio eucariotico.
