Il differenza fondamentale tra BCAA e amminoacidi è quello il BCAA è un amminoacido a catena ramificata che ha catene laterali alifatiche con un ramo mentre gli amminoacidi sono composti organici contenenti gruppi amminici, gruppi carbossilici e una specifica catena laterale.
Gli aminoacidi sono i mattoni delle proteine. Il gruppo laterale (R) dell'amminoacido determina le proprietà dell'amminoacido. Pertanto, questo gruppo laterale è specifico per gli amminoacidi. In altre parole, diversi amminoacidi hanno diversi gruppi laterali. Tuttavia, i BCAA hanno un'unicità aggiuntiva; un atomo di carbonio centrale legato a tre o più atomi di carbonio.
