La differenza fondamentale tra gli amminoacidi idrofobici e idrofili è che gli amminoacidi idrofobici sono non polari mentre gli amminoacidi idrofili sono polari.
Gli aminoacidi sono i mattoni delle proteine. Una proteina è una molecola polimerica gigante che è un componente essenziale di tutti gli organismi viventi. Inoltre, gli amminoacidi sono principalmente di due tipi come amminoacidi essenziali e non essenziali. Inoltre, possiamo classificarli come amminoacidi idrofili e idrofobici, a seconda della loro natura fisico-chimica. Sono diversi l'uno dall'altro principalmente in base alla polarità.