La differenza fondamentale tra trapianto di cellule staminali autologhe e allogeniche è che, nel trapianto di cellule staminali autologhe, le proprie cellule vengono utilizzate nel trapianto, mentre nel trapianto di cellule staminali allogeniche, un donatore viene abbinato prima del trapianto e quindi somministrato.
Il trapianto di cellule staminali è una tecnica utilizzata principalmente nel trattamento del cancro. Nel trapianto di cellule staminali, le cellule staminali con caratteristiche avanzate adeguate vengono somministrate in modo che si sviluppino in cellule immunologiche in grado di distruggere le cellule tumorali. La sua altra funzione è proteggere le cellule non maligne del corpo. Il trapianto di cellule staminali autologo e allogenico sono due tipi di tecniche di trapianto di cellule staminali. Il trapianto autologo di cellule staminali utilizza le proprie cellule staminali per il trapianto, mentre il trapianto allogenico di cellule staminali utilizza cellule staminali di un donatore abbinato.