La differenza fondamentale tra la genetica classica e quella moderna è che la genetica classica è la genetica mendeliana o il vecchio concetto di genetica, che si esprime esclusivamente sulla base dei fenotipi risultanti da esperimenti di riproduzione mentre la genetica moderna è il nuovo concetto di genetica, che consente il diretto studio dei genotipi insieme ai fenotipi.
Il grande scienziato Gregor Mendel è il padre della genetica. Mendel ha introdotto diverse leggi riguardanti l'ereditarietà dei tratti e il modo in cui i tratti passano da genitore a prole. Così, le sue scoperte sono diventate la base del nuovissimo concetto scoperto in seguito nella genetica. Pertanto, la genetica classica e la genetica moderna sono due concetti distinti. Tuttavia la genetica classica è la base della genetica moderna.