Differenza chiave - Exome vs RNA Sequencing
Il sequenziamento degli acidi nucleici è la tecnica che determina l'ordine dei nucleotidi in un particolare frammento di DNA o RNA di un organismo. Il sequenziamento è importante per identificare la composizione del DNA e dell'RNA della cellula e per distinguere alcuni geni che codificano per proteine funzionali; quindi, il sequenziamento può essere utilizzato per comprendere le mutazioni di questi geni e le espressioni geniche. Il metodo di sequenziamento di Sanger oi metodi di sequenziamento di nuova generazione più avanzati sono i metodi di sequenziamento comunemente utilizzati. Il sequenziamento dell'esoma è il sequenziamento dell'insieme completo di esoni o regioni di DNA codificanti presenti in un organismo mentre il sequenziamento dell'RNA è la procedura di sequenziamento degli acidi ribonucleici (RNA). Questa è la differenza chiave tra esoma e sequenziamento dell'RNA.
CONTENUTI
1. Panoramica e differenza chiave
2. Cos'è il sequenziamento dell'esoma
3. Cos'è il sequenziamento dell'RNA
4. Somiglianze tra sequenziamento dell'esoma e dell'RNA
5. Confronto affiancato - Sequenziamento esoma vs RNA in forma tabulare
6. Riepilogo
Cos'è il sequenziamento dell'esoma?
L'esoma è un sottoinsieme del genoma costituito dai geni codificanti di un particolare organismo. I geni codificanti sono denominati esoni e vengono trascritti in mRNA e quindi tradotti in sequenze di amminoacidi. Durante le modifiche post-trascrizionali, il meccanismo di splicing dell'RNA negli eucarioti rimuove gli introni (regioni non codificanti) e gli esoni rimangono. Esistono due tecniche principali in cui viene eseguito il sequenziamento dell'esoma: basato su soluzione e basato su array.
Nel sequenziamento dell'esoma basato su soluzione, i campioni di DNA vengono frammentati utilizzando enzimi di restrizione o metodo meccanico e denaturati dal calore. In questa tecnica, le sonde oligonucleotidiche biotinilate (esche) vengono utilizzate per ibridare selettivamente con le regioni bersaglio nel genoma. Per la fase di legame vengono utilizzate sfere magnetiche di streptavidina. Il legame è seguito da una fase di lavaggio in cui le sequenze non legate e non mirate vengono lavate via. I target legati vengono quindi amplificati utilizzando la reazione a catena della polimerasi (PCR) e quindi vengono sequenziati utilizzando il sequenziamento di Sanger o le tecniche di sequenziamento di nuova generazione.
Figura 01: sequenziamento dell'esoma
Anche il metodo basato su array è simile al metodo basato su soluzione, tranne per il fatto che i frammenti di DNA vengono catturati in un micro array, quindi seguono le fasi di legame e lavaggio prima di essere sequenziati.
Il sequenziamento dell'esoma viene utilizzato in molte applicazioni come la diagnosi genetica delle malattie, nella terapia genica, nell'identificazione di nuovi marcatori genetici, nell'agricoltura per identificare vari tratti agronomici benefici e nelle procedure di selezione delle piante.
Cos'è il sequenziamento dell'RNA?
Il sequenziamento dell'RNA si basa sul trascrittoma, che è il trascritto completo della cellula. Gli obiettivi chiave del sequenziamento dell'RNA sono catalogare tutte le specie del trascritto, inclusi mRNA, RNA non codificante e RNA piccolo, per determinare la struttura trascrizionale dei geni e quantificare i livelli di espressione di ciascun trascritto durante lo sviluppo. Durante il sequenziamento dell'RNA, le tecnologie di ibridazione (che erano DNA complementare derivato da sequenze di mRNA maturo) sono state inizialmente utilizzate per il sequenziamento. Attualmente, per il sequenziamento dell'RNA viene utilizzata una tecnica di through-put più accurata e avanzata.
Figura 02: sequenziamento dell'RNA
Nel sequenziamento dell'RNA, un campione di RNA che può essere RNA totale o RNA frazionato viene convertito nel suo DNA complementare (cDNA) utilizzando la trascrizione inversa e viene preparata una libreria di cDNA. Ogni frammento di cDNA è attaccato agli adattatori su entrambi i lati (sequenziamento dell'estremità della coppia) o su un lato (sequenziamento dell'estremità singola). Queste sequenze contrassegnate vengono sequenziate utilizzando il sequenziamento di Sanger o la generazione successiva, come il sequenziamento dell'esoma.
Quali sono le somiglianze tra esoma e sequenziamento dell'RNA?
- Frammenti selezionati brevi o l'intero set di DNA / RNA possono essere utilizzati per il sequenziamento di Exome o RNA.
- I frammenti sequenziati vengono conservati nelle librerie.
- È possibile utilizzare il sequenziamento di Sanger o il sequenziamento di nuova generazione.
- Entrambi sono metodi di sequenziamento in vitro.
- I frammenti sequenziati possono essere determinati mediante etichette fluorescenti.
Qual è la differenza tra esoma e sequenziamento dell'RNA?
Articolo diff. Al centro prima della tabella
Exome vs RNA Sequencing |
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| Il sequenziamento dell'esoma è il sequenziamento della serie completa di esoni o regioni di DNA codificanti presenti in un organismo. | Il sequenziamento dell'RNA si riferisce alla procedura di sequenziamento degli acidi ribonucleici (RNA); il trascrittoma. |
| Campione iniziale | |
| Il DNA genomico è il campione iniziale del sequenziamento dell'esoma. | L'RNA è il campione iniziale del sequenziamento dell'RNA. |
| Composizione | |
| Questo contiene solo regioni codificanti del DNA totale noto come esoni | Questo contiene RNA-mRNA / trascrittoma. |
| Sequenziamento | |
| Esistono due metodi principali di sequenziamento dell'esoma; tecnologie basate su soluzioni e array. | Il sequenziamento dell'RNA viene effettuato tramite la preparazione di una libreria di cDNA estraendo l'RNA totale o l'RNA frammentato. |
Riepilogo - Exome vs RNA Sequencing
Exome è l'insieme completo di regioni codificanti di un organismo e le tecniche coinvolte nella determinazione dell'esatto ordine nucleotidico di Exome sono note come sequenziamento dell'esoma. Il sequenziamento dell'RNA è la tecnica coinvolta nella determinazione dell'ordine nucleotidico dell'RNA di un organismo. Questa è la differenza tra esoma e sequenziamento dell'RNA.
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