Differenza chiave - Exome vs Transcriptome
Un gene contiene regioni codificanti e non codificanti al suo interno. Le sequenze di codifica sono note come esoni e le sequenze non codificanti sono note come introni. La sequenza nucleotidica degli esoni di un gene rappresenta il codice genetico del gene per sintetizzare la proteina specifica. Quindi, gli esoni rimangono nella molecola di mRNA. La regione dell'esone totale del genoma è nota come esoma ed è una parte importante del genoma. Il codice genetico dei geni viene convertito nel codice genetico della molecola di mRNA, necessaria per la produzione di proteine. L'intera molecola di mRNA trascritta in una cellula o una popolazione cellulare alla volta è nota come trascrittoma. Il differenza fondamentale tra esoma e trascrittoma è quello l'esoma rappresenta le sequenze delle regioni dell'esone del genoma mentre il trascrittoma rappresenta l'mRNA totale di una cellula o di un tessuto in un dato momento.
INDICE
1. Panoramica e differenza fondamentale
2. Cos'è Exome
3. Cos'è Transcriptome
4. Confronto affiancato - Exome vs Transcriptome
5. Riepilogo
Cos'è Exome?
I geni sono composti da esoni, introni e sequenze regolatorie. Gli esoni sono le regioni geniche che vengono trascritte nella sequenza di mRNA durante la trascrizione. Gli introni e altre regioni non codificanti vengono rimossi durante la trascrizione. La sequenza nucleotidica degli esoni determina il codice genetico del gene che sintetizza la specifica proteina che codifica. Solo gli esoni rimangono all'interno dell'mRNA di una proteina. La raccolta di esoni nel genoma è nota come esoma di un organismo. Rappresenta una parte del genoma che si esprime nei geni. Negli esseri umani, l'esoma rappresenta l'1% del genoma. È la porzione che codifica le proteine del genoma umano.
Figura 01: Exome
Cos'è il trascrittoma?
Il trascrittoma è la raccolta di tutti i trascritti (RNA) codificanti e non codificanti proteine in un dato tessuto. Il trascrittoma rappresenta la raccolta delle molecole di mRNA totali espresse dai geni in una cellula o in un tessuto. Il trascrittoma di una cellula può essere variato con il trascrittoma di un altro tipo di cellula. Anche il trascrittoma è dinamico: cambia nel tempo in risposta a stimoli interni ed esterni. Anche all'interno dello stesso tessuto o dello stesso tipo di cellula, il trascrittoma può cambiare dopo pochi minuti.
Transcriptome differisce da exome di un organismo. Il trascrittoma include solo le sequenze esome espresse. Sebbene l'esoma di una cellula rimanga lo stesso, il trascrittoma differisce tra le cellule poiché l'espressione genica non è la stessa per tutte le cellule o i tessuti. Solo i geni essenziali sono espressi in cellule e tessuti diversi. L'espressione genica è un processo specifico del tipo di tessuto o cellula. È regolato da vari fattori, inclusi i fattori ambientali. Pertanto, il trascrittoma può variare in base alle condizioni ambientali esterne.
Il trascrittoma è utilizzato come precursore per gli studi di proteomica. Tutte le proteine derivano da sequenze di mRNA. Le modifiche traslazionali possono provocare cambiamenti nelle proteine. Tuttavia, il trascrittoma fornisce importanti informazioni di base per gli studi di proteomica.
Figura 02: trascrittoma di cellule staminali embrionali
Qual è la differenza tra Exome e Transcriptome?
Articolo diff. Al centro prima della tabella
Exome vs Transcriptome |
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| Exome è la raccolta della regione codificante le proteine dei geni. | Il trascrittoma è la raccolta di tutto l'RNA trascritto, incluso l'mRNA. |
| Campione | |
| Exome viene studiato utilizzando un campione di DNA. | Il trascrittoma viene studiato utilizzando un campione di RNA. |
| Metodo di studio | |
| L'intero sequenziamento dell'esoma è il metodo per studiare l'esoma. | Il sequenziamento dell'RNA è il metodo per studiare il trascrittoma. |
Riepilogo: Exome vs Transcriptome
Gli esoni sono le sequenze codificanti dei geni e determinano le sequenze di mRNA delle proteine. La raccolta di queste sequenze codificanti (esoni) è nota come esoma di un organismo. I geni vengono trascritti in molecole di mRNA prima di produrre proteine. Le molecole di mRNA totali di una cellula o di un tessuto in un dato momento sono note come trascrittoma. Il trascrittoma rappresenta i geni che vengono espressi attivamente nell'mRNA in un dato momento. Il trascrittoma è specifico per cellule e tessuti e influisce sulle condizioni ambientali. Questa è la differenza tra esoma e trascrittoma.
