La differenza fondamentale tra il sequenziamento del fucile a pompa del genoma intero e gerarchico è che nel sequenziamento del fucile a pompa gerarchico, il genoma viene suddiviso in frammenti più grandi prima del sequenziamento mentre, nel sequenziamento del fucile a pompa dell'intero genoma, l'intero genoma viene suddiviso in piccoli frammenti per il sequenziamento.
Il sequenziamento è una tecnica importante nei processi molecolari, specialmente nell'identificazione accurata delle specie. In effetti, è la tecnica per identificare l'ordine preciso dei nucleotidi in un gene o in un genoma. Esistono molte tecniche per il sequenziamento. Alcuni di questi includono il metodo Maxam Gilbert, il metodo Sanger e il metodo automatizzato Sanger.
