Differenza chiave: pagina SDS vs pagina nativa
SDS e pagina nativa sono due tipi di tecniche di elettroforesi su gel di poliacrilammide utilizzate in biologia molecolare. La differenza fondamentale tra la pagina SDS e la pagina nativa è il tipo di gel di poliacrilammide utilizzato. Nella pagina SDS viene utilizzato un gel denaturante quindi le molecole vengono separate in base al loro peso molecolare. Al contrario, in Native Page, vengono utilizzati gel non denaturanti. Pertanto, le molecole vengono separate in base alla loro dimensione, carica e forma.
L'elettroforesi su gel di poliacrilammide (pagina) utilizza un gel prodotto dalla polimerizzazione di monomeri di acrilammide con metilene bisacrilammide. Il poliacrilammide è più resistente e più stabile al calore dell'agarosio. I gel di poliacrilammide hanno una dimensione dei pori più piccola che consente la separazione efficiente delle proteine. Esistono due tipi principali di impostazioni di pagina, ovvero la pagina SDS e la pagina nativa. Pagina SDS o Sodio-dodecil solfato L'elettroforesi su gel di poliacrilammide separa le proteine in base ai loro pesi molecolari. I gel denaturanti sono usati nella pagina SDS. Native Page utilizza gel non denaturanti e separa le proteine in base alla loro dimensione, carica e forma (conformazione 3D).
CONTENUTI
1. Panoramica e differenza fondamentale
2. Che cos'è la pagina SDS
3. Che cos'è la pagina nativa
4. Somiglianze tra la pagina SDS e la pagina nativa
5. Confronto affiancato - Pagina SDS vs pagina nativa in forma tabulare
6. Riepilogo
Cos'è la pagina SDS?
La pagina SDS è la tecnica elettroforetica più comune utilizzata per separare le proteine in base al loro peso molecolare. Il gel viene prodotto aggiungendo SDS (Sodium dodecyl sulfate), che è un detergente. SDS trasforma le proteine in monomeri. SDS è un detergente anionico. Pertanto, aggiunge una carica negativa netta alle proteine all'interno di un ampio intervallo di pH. Quando la carica negativa netta viene impartita alle molecole proteiche, a causa della variazione di carica, le strutture complesse vengono scomposte. A causa della carica negativa, le proteine si attraggono verso l'estremità positiva. Pertanto le molecole con peso molecolare inferiore viaggiano più velocemente sulla matrice del gel e possono essere osservate vicino all'anodo, mentre le proteine con peso molecolare più elevato si osservano più vicino ai pozzetti.
Figura 01: pagina SDS
Il legame della SDS alla catena polipeptidica è proporzionale alla sua massa molecolare relativa. Pertanto, la massa molecolare può anche essere determinata tramite la pagina SDS. La colorazione dei gel della pagina SDS viene eseguita mediante colorazione con blu di bromofenolo. Le applicazioni della pagina SDS variano in misura maggiore dove può essere utilizzata per stimare la massa molecolare relativa e per determinare l'abbondanza relativa di proteine in una miscela proteica. La pagina SDS può essere utilizzata anche per determinare la distribuzione delle proteine in una miscela di proteine. La pagina SDS viene applicata anche per purificare e valutare le proteine. Viene utilizzato come procedura preliminare per il western blotting e l'ibridazione, che a sua volta viene utilizzata per la mappatura e l'identificazione delle proteine.
Cos'è la pagina nativa?
L'elettroforesi su gel di poliacrilammide nativa (pagina nativa) utilizza un gel non denaturante. Pertanto, la SDS o qualsiasi altro agente denaturante non viene aggiunto alla matrice gel. In Native Page, la separazione delle proteine è basata sulla carica e sulla dimensione della proteina. Pertanto, la mobilità della proteina dipende dalla carica e dalle dimensioni della proteina.
La carica della proteina dipende dalle catene laterali degli amminoacidi. Se le catene laterali sono caricate negativamente, la proteina riceverà una carica negativa complessiva e viceversa. Le proteine mantengono una conformazione 3D grazie alla piegatura che avviene. Il piegamento risulta dai diversi tipi di legame in proteine come legami disolfuro, interazioni idrofobiche e legami idrogeno. Pertanto, se la pagina nativa viene portata a pH neutro, le proteine verranno separate in base alla forma molecolare della proteina. Pertanto, Native Page può essere utilizzata come tecnica sensibile per rilevare il cambiamento di carica o conformazione della proteina.
Il vantaggio principale della pagina nativa è che la proteina utilizzata per l'analisi della pagina può essere ripristinata nel suo stato originale dopo l'analisi della pagina, poiché la proteina non viene disturbata durante il processo. Native Page è una tecnica di throughput relativamente elevata e la stabilità della proteina è aumentata.
Figura 02: pagina nativa
Al termine della corsa del gel, il gel Native Page può essere visualizzato mediante colorazione con blu di bromofenolo o qualsiasi altro reagente di colorazione adatto. Le applicazioni di Native Page includono la separazione di proteine acide comprese le glicoproteine come l'eritropoietina ricombinante umana o l'identificazione di proteine presenti nell'albumina sierica bovina (BSA).
Quali sono le somiglianze tra la pagina SDS e la pagina nativa?
- Entrambi i sistemi Pagina SDS e Pagina nativa utilizzano gel di poliacrilammide come matrice del gel.
- Entrambi sono usati per la separazione e l'identificazione delle proteine.
- Entrambi usano la mobilità elettroforetica per separare i composti.
- Entrambi possono essere eseguiti in modo verticale o orizzontale (per lo più come impostazioni di pagina verticali perché la lunghezza della tiratura è maggiore).
- L'apparato di elettroforesi comprendente il serbatoio del gel, i pettini, l'alimentazione è richiesto per il funzionamento di entrambe le tecniche.
- La visualizzazione del gel può essere eseguita mediante metodi di colorazione in entrambe le tecniche.
Qual è la differenza tra la pagina SDS e la pagina nativa?
Articolo diff. Al centro prima della tabella
Pagina SDS vs pagina nativa |
|
| La pagina SDS o la pagina Sodio-dodecil solfato separa le proteine in base al loro peso molecolare e utilizza un gel denaturante. | Native Page utilizza gel non denaturanti e separa le proteine in base alla loro dimensione, carica e forma (conformazione 3D). |
| Tipo di gel | |
| Nella pagina SDS viene utilizzato un gel denaturante. | Nella pagina nativa viene utilizzato un gel non denaturante. |
| Presenza di SDS | |
| SDS è presente come detergente per impartire una carica negativa sul campione nella pagina SDS. | SDS non è presente nella pagina nativa. |
| Base di separazione | |
| La separazione delle proteine dipende dal peso molecolare della proteina nella pagina SDS. | La separazione dipende dalle dimensioni e dalla forma della molecola proteica nella pagina nativa. |
| Stabilità della proteina | |
| La stabilità della proteina è bassa nella pagina SDS. | La stabilità delle proteine è alta nella pagina nativa. |
| Recupero della proteina originale | |
| Non possibile in quanto è denaturato nella pagina SDS. | Possibile nella pagina nativa. |
Riepilogo: pagina SDS e pagina nativa
La pagina SDS e la pagina nativa sono due tipi di tecniche di elettroforesi su gel di poliacrilammide utilizzate per separare le proteine. La pagina SDS è trattata con un detergente chiamato SDS. La SDS conferisce una carica negativa complessiva alla proteina, che poi si traduce nella denaturazione della proteina. Pertanto, le proteine vengono separate in base al loro peso molecolare. Al contrario, la tecnica Native Page non utilizza alcun agente denaturante. Pertanto le proteine vengono separate in base alla loro dimensione o alla forma. Questa è la differenza tra la pagina SDS e la pagina nativa.
