Il differenza fondamentale tra knockout e knockdown del gene è che il knockout del gene è una tecnica in cui il gene di interesse viene completamente rimosso (stato inoperativo) per studiare le funzioni del gene mentre il knockdown del gene è un'altra tecnica in cui il gene di interesse viene silenziato per indagare il ruolo del particolare gene in un sistema biologico.
Diverse tecniche genetiche sono in atto per studiare il funzionamento dei geni all'interno dei sistemi biologici viventi. Gene knockout e knockdown sono due di queste tecniche. Queste tecniche aiutano gli scienziati a identificare gli aspetti funzionali di diversi geni negli organismi viventi.