La differenza fondamentale tra gene epistatico e gene ipostatico è che il gene epistatico è un gene che influenza l'espressione di un altro gene in un locus diverso mentre il gene ipostatico è il gene che si sottopone all'interferenza del gene epistatico.
Alcuni geni dipendono da altri geni non allelici per le loro espressioni. L'epistasi è una forma di interazione genica in cui un gene interferisce o maschera l'espressione di un altro gene situato in un locus diverso. Quindi, è una specie di interazione genica non allelica. In questa speciale interazione genica, due geni interagiscono e sono il gene epistatico e il gene ipostatico. Di conseguenza, il gene che maschera l'espressione di un altro gene è noto come gene epistatico mentre il gene la cui espressione è interessata è noto come gene ipostatico.
