La differenza fondamentale tra knock in e knockout si basa sul metodo utilizzato per creare un organismo transgenico. Nel knock-in del gene, avviene l'inserimento di un nuovo gene, mentre nel knockout del gene, avviene la rimozione di un gene esistente per creare un organismo transgenico.
Gli organismi transgenici sono organismi con una costituzione genetica alterata. "Organismi ricombinanti" è un sinonimo per loro. Nella maggior parte dei casi, gli organismi transgenici contengono caratteristiche benefiche. Quando si creano organismi transgenici, i geni diventano il bersaglio. A seconda delle necessità è possibile introdurre o rimuovere un gene. Il knock-in del gene si riferisce all'introduzione di un nuovo gene mentre il knockout del gene si riferisce alla rimozione di un gene.
