La differenza fondamentale tra i corpi di Golgi e i mitocondri sta nella funzione che svolgono. La funzione principale dei corpi di Golgi (o apparato di Golgi) è la modifica, l'ordinamento e il confezionamento delle proteine per la secrezione mentre la funzione principale dei mitocondri è la produzione di valuta energetica della cellula (ATP) attraverso la respirazione.
Le cellule eucariotiche contengono organelli cellulari come corpi di Golgi, mitocondri, lisosomi, ribosomi, nucleo, ecc. Questi sono organelli vitali necessari per le funzioni cellulari. I corpi di Golgi fanno parte del sistema endomembrana che comprende vescicole e membrane piegate mentre i mitocondri sono organelli a forma di fagiolo legati a doppia membrana che si trovano nelle cellule eucariotiche.
