La differenza fondamentale tra gliossisomi e perossisomi è che i gliossisomi sono presenti solo nelle cellule vegetali e nei funghi filamentosi mentre i perossisomi sono presenti in quasi tutte le cellule eucariotiche. I gliossisomi sono abbondanti nelle cellule vegetali dei semi in germinazione mentre i perossisomi sono abbondanti nelle cellule del fegato e dei reni.
Questi due organelli sono microorganismi presenti nelle cellule eucariotiche. I gliossisomi sono perossisomi specializzati che si trovano solo nelle cellule vegetali e nei funghi filamentosi. I perossisomi sono organelli che aiutano ad abbattere le lunghe catene di acidi grassi e a disintossicare la cellula. Degradano gli alcoli e altri composti nocivi.