La differenza fondamentale tra cloro libero e cloro totale è che il cloro libero è la quantità di cloro che può inattivare i microrganismi patogeni presenti nell'acqua mentre il cloro totale è la somma del cloro combinato e del cloro libero. Il valore del cloro libero è sempre inferiore al valore del cloro totale.
Il cloro combinato è la quantità di cloro che reagisce con i composti contenenti azoto presenti nell'acqua. Pertanto, questo cloro non è disponibile per il processo di disinfezione dell'acqua. Ciò significa che il termine cloro totale indica la quantità totale di cloro disponibile e non disponibile per l'inattivazione di microrganismi patogeni (patogeni) nell'acqua.