Il differenza fondamentale tra Pseudomonas aeruginosa e Pseudomonas fluorescens è che il P. aeruginosa è un patogeno umano opportunista mentre il P. fluorescens non è un patogeno umano. Più esplicitamente dicendo, P. aeruginosa è un patogeno di piante e animali, compreso l'uomo, mentre P. fluorescenza è una specie batterica che promuove la crescita delle piante. Un'altra importante differenza tra Pseudomonas aeruginosa e Pseudomonas fluorescens è che la P. aeruginosa ha la capacità di crescere anche a 42 ° C.
Pseudomonas è un genere batterico che comprende batteri gram-negativi, a forma di bastoncello e flagellati polari. Sono batteri aerobi che non formano spore, catalasi positive e ossidasi positive. Inoltre, questo genere ha molte specie tra cui P. aeruginosa, P. fluorescens, P. putida, P. syringae, ecc.