Il differenza fondamentale tra E. coli e Pseudomonas aeruginosa è quello E. coli è una specie batterica anaerobica facoltativa che appartiene alla famiglia Enterobacteriaceae e al genere Escherichia, mentre P. aeruginosa è una specie batterica aerobica che appartiene alla famiglia Pseudomonadadaceae e al genere Pseudomonas.
Sia E. coli che Pseudomonas aeruginosa sono batteri Gram-negativi, a forma di bastoncello e mobili. Inoltre, sono batteri incapsulati. Ma E. coli è una specie del genere Escherichia mentre P. aeruginosa è una specie del genere Pseudomonas.
