Il differenza fondamentale tra la clorofilla A e B è che la clorofilla A è il pigmento fotosintetico primario nelle piante e nelle alghe mentre la clorofilla B è un pigmento accessorio che raccoglie energia e passa alla clorofilla A.
La clorofilla è una famiglia di pigmenti naturali presenti nelle piante e nelle alghe ed è responsabile del loro colore verde. La clorofilla assorbe l'energia dalla luce solare e utilizza questa energia per sintetizzare i carboidrati dall'acqua e dall'anidride carbonica. È il processo chiamato fotosintesi che sostiene i processi vitali in tutte le piante poiché i loro requisiti energetici vengono soddisfatti attraverso questo processo. Inoltre, la fotosintesi è il processo principale che sostiene tutti gli organismi viventi poiché le piante sono i produttori primari di tutte le catene alimentari. Gli animali e gli esseri umani consumano i prodotti delle piante. Nella famiglia dei pigmenti di clorofilla esistono diversi tipi di pigmenti di clorofilla. Tra questi, la clorofilla A e la clorofilla B sono due tipi di clorofille. Hanno una struttura simile con una leggera differenza nell'anello porfirinico. La clorofilla A ha CH3 gruppi nell'anello porfirinico mentre la clorofilla B ha un CHO (gruppo aldeidico) nell'anello porfirinico.