La differenza fondamentale tra batterioclorofilla e clorofilla è che i fototrofi anossigenici, come batteri viola, eliobatteri e batteri dello zolfo verde, ecc. Hanno batterioclorofille, mentre i fototrofi ossigenati come piante verdi, alghe e cianobatteri hanno clorofille.
Esistono due tipi di fotosintesi; fotosintesi ossigenata e fotosintesi anossigenica. Esistono anche due tipi di pigmenti fotosintetici come la clorofilla e la batterioclorofilla. I fototrofi ossigenati hanno clorofilla mentre i fototrofi anossigenici hanno batterioclorofilla. La batterioclorofilla e la clorofilla sono simili nella struttura complessiva. Ma differiscono nelle sostituzioni intorno all'anello e nella lunghezza e nelle sostituzioni sulla coda di fitolo. Esistono quattro tipi di clorofille mentre ci sono sette tipi di batterioclorofille.
