La differenza chiave tra cisgenesi e intragenesi è quella nella cisgenesi, i geni vengono introdotti senza apportare alcuna modifica alla sequenza del DNA, ei geni hanno il suo promotore nativo, introni e sequenze terminatore mentre nell'intragenesi, i geni possono essere progettati utilizzando elementi genetici di altre piante con lo stesso pool genetico sessualmente compatibile.
La transgenesi è la modificazione genetica in una pianta ricevente con geni di qualsiasi organismo non vegetale o di una pianta donatrice sessualmente incompatibile con la pianta ricevente. La cisgenesi e l'intragenesi sono due concetti alternativi alla transgenesi. Entrambi si svolgono tra specie incrociabili. La cisgenesi si riferisce alla modificazione genetica di una pianta ricevente con un gene naturale di una pianta sessualmente compatibile. L'intragenesi, d'altra parte, consente l'uso di nuove combinazioni geniche create da riarrangiamenti in vitro di elementi genetici funzionali. Tuttavia, entrambi i concetti si basano sull'uso di geni della stessa specie o di specie strettamente correlate che sono sessualmente compatibili. Quindi, l'intragenesi e la cisgenesi sono identiche al pool genetico disponibile per la riproduzione convenzionale.
