La differenza chiave tra zooplancton e fitoplancton è che lo zooplancton è un plancton eterotrofo non fotosintetico che è protozoo o un animale mentre il fitoplancton è un plancton fotosintetico autotrofo che è una diatomea, cianobatteri o alghe.
I plancton sono i minuscoli organismi che vivono e galleggiano negli oceani, nei mari o nei corpi d'acqua dolce. La maggior parte di loro sono microscopici e sono importanti fonti di cibo per animali più grandi. Esistono due tipi principali di plancton: lo zooplancton e il fitoplancton. Gli zooplancton sono eterotrofi e includono animali che non sono in grado di fotosintetizzare. D'altra parte, il fitoplancton è il plancton fotosintetico, che è autotrofico. Inoltre, i fitoplancton immagazzinano energia tramite la fotosintesi e lo zooplancton e il nekton (animali di grosso corpo che si muovono attivamente nella colonna d'acqua) si nutrono di quelli. Gli esseri umani e altri predatori si nutrono di nekton e di alcuni zooplancton più grandi su larga scala. Inoltre, le attività umane come l'inquinamento ambientale, incidono in gran parte negativamente su questo flusso di energia che parte dal fitoplancton.
