La differenza fondamentale tra l'amplificazione genica e la clonazione genica è che l'amplificazione genica è il processo di creazione di molte copie del gene di interesse in vitro mediante una reazione a catena della polimerasi. Ma la clonazione genica è un processo di creazione di molte copie del gene di interesse in vivo, creando un plasmide ricombinante e trasformandolo in un batterio ospite.
Un gene è un frammento specifico di DNA che codifica per una proteina. Un organismo possiede migliaia di geni. Inoltre, è possibile moltiplicare le sequenze di DNA di geni importanti utilizzando tecniche di biologia molecolare. L'amplificazione genica e la clonazione genica sono due di queste procedure. Entrambe le procedure producono molte copie di un gene di interesse. Tuttavia, esiste una differenza tra l'amplificazione genica e la clonazione genica in termini di metodologia.