Il differenza fondamentale tra l'antigene O e H è quello l'antigene O è la porzione più esterna del rivestimento superficiale dei batteri mentre l'antigene H è la struttura filiforme sottile che fa parte dei flagelli.
Gli antigeni sono siti di riconoscimento molecolare presenti in molti batteri, funghi, virus, particelle di polvere e altre particelle cellulari e non cellulari che potrebbero essere riconosciute dal sistema immunitario dell'ospite. Generalmente, la maggior parte degli antigeni è presente sulla superficie cellulare. Strutturalmente, gli antigeni possono essere proteine, amminoacidi, lipidi, glicolipidi o glicoproteine o marcatori di acidi nucleici. Queste molecole possiedono una capacità specifica di provocare una risposta immunitaria nell'ospite. Questa risposta immunitaria è determinata innescando la produzione di anticorpi come risultato corrispondente.
Gli antigeni sono generalmente utilizzati nel sistema di identificazione del sierotipo per i batteri. La Salmonella è un genere batterico che ha molti sierotipi. I sierotipi sono gruppi di microrganismi all'interno della stessa specie. Questi sierotipi possono essere distinti utilizzando la combinazione di antigene O e antigene H. L'antigene O è una catena laterale LPS mentre l'antigene H è una parte dei flagelli.
