Il differenza fondamentale tra plastochinone e plastocianina è quello il plastochinone è una molecola portatrice lipofila che trasferisce elettroni alla plastocianina attraverso il complesso proteico del citocromo b6f. Ma la plastocianina è una piccola proteina blu-rame solubile in acqua che accetta una coppia di elettroni dal complesso citocromo b 6 f e la passa al fotosistema I nello spazio tilacoide.
La fotosintesi ha due tipi di reazioni: reazioni dipendenti dalla luce e reazioni indipendenti dalla luce. Questi due tipi di fotosistemi svolgono un ruolo importante nelle reazioni dipendenti dalla luce. Sono fotosistema I e II. I fotosistemi sono grandi complessi di proteine e pigmenti o molecole che assorbono la luce. Catturano l'energia dalla luce solare. P700 è il centro di reazione del fotosistema I mentre P680 è il centro di reazione del fotosistema II. Ogni fotosistema assorbe la luce e produce ATP tramite la fotofosforilazione. Producono anche NADPH. Diversi tipi di accettori di elettroni partecipano alle reazioni dipendenti dalla luce. Il plastochinone e la plastocianina sono due tipi di molecole coinvolte nella catena di trasporto degli elettroni.
